52（53~54）雾天狗传说杀人事件★
60（62）插画画家杀人事件
192（207）危命的重生新一返来了S/X
98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）
33（34）侦察团生还事件◆
148（158）路上电车告急刹车事件◆
190（205）危命的重生第三种挑选X
116（122）推理小说家失落事件（前篇）
27（28）小五郎同窗会杀人事件（前篇）
82（85）当红歌星绑架事件（后篇）
90（93）花香杀人事件◆
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“B”表示呈现黑衣构造，“F”表示呈现FBI，“C”表示呈现CIA，“S”表示呈现工藤新一，“X”表示呈现服部平次，“K”表示呈现怪盗基德。（重视不要将标注与动画称呼相混合）关于主线剧情的环境，请参考下文“主线剧情简介”部分。
217（233)目暮警官尘封的奥妙（前篇）
31（32）电视台杀人事件
10足球选手打单事件
141（151）结婚前夕密室事件（前篇）X
147（157）本厅刑事爱情物语（后篇）
19（20）电梯杀人事件◆
200（215）怀疑犯毛利小五郎（后篇）
57（59）福尔摩斯迷杀人事件（前篇）X
218（234）目暮警官尘封的奥妙（后篇）
92（95）可骇登山杀人事件（前篇）◆
22（23）豪华客轮持续杀人事件（前篇）
169（180）维纳斯之吻◆
203（218）伊卡洛斯的玄色之翼（前篇）◆
162（172~173）飞天密室工藤新一最后的事件★S
86（89）诱拐现场特定事件◆（注：该集按照漫画《名侦察柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
17（18）百货公司挟持事件◆
@1999年（129~173）
164（175）玉轮、星星与太阳的奥妙（后篇）
95（98）小五郎约会杀人事件◆
96（99~102）走投无路的名侦察！持续两大杀人事件★
39（40）企业家令媛杀人事件（前篇）
186（201）名侦察遇害记（后篇）◆
149（159）游乐土高空弹跳事件◆
49（50）交际官杀人事件（后篇）S/X
161（171）流经流水亭的杀机◆
111（117）烹调课堂杀人事件（后篇）◆
41（42）优胜锦旗被割事件◆
64（66）第三个指纹杀人事件◆
151（161）汽车爆炸事件的本相（后篇）◆
204（219）伊卡洛斯的玄色之翼（后篇）◆
89（92）德休拉别墅杀人事件（后篇）◆
152（162）奥秘白叟失落事件◆
84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）
128（135）黑衣构造10亿元掳掠事件◆B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
93（96）可骇登山杀人事件（后篇）◆
132（142）把戏爱好者杀人事件（事件篇）K
173（184)重生的灭亡讯息（后篇）
@1996年（1~42）
180（194）红色杀机的夜想曲（前篇）◆
213（229）蘑菇、熊与侦察队（后篇）
15（16）消逝的尸身杀人事件
157（167）本厅刑事爱情物语2（后篇）
113（119）红色海滩杀人事件◆（注：该集按照漫画《名侦察柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
123（130）气候预报蜜斯绑架事件◆
69（71）暗夜男爵杀人事件（迷惑篇）
103（109）时装演员杀人事件（后篇）
155（165）水中钥匙密室事件◆
@1998年（86~128）
83（86）综合病院杀人事件◆
137（147）蓝色古堡摸索事件（后篇）
53（55）奥秘凶器杀人事件◆
47（48）健身俱乐部杀人事件◆
14（15）谜样的讯息偷袭事件◆
142（152）结婚前夕密室事件（后篇）X
198（213）超等跑车的圈套（后篇）◆
144（154）上野解缆的北斗星3号（前篇）
71（73）米花之狼杀人事件◆
45（46）敷面膜杀人事件◆
24（25）丧失影象的美女事件◆
66（68）夜路杀人事件◆
@2000年（174~218）
25（26）真假人质绑票事件◆
214（230）怀古饭店的奥秘事件◆
193（208）危命的重生商定的场合S
32（33）咖啡厅杀人事件
76（78~79）柯南VS怪盗基德★K
140（150）SOS！步美传达的讯息◆
67（69）舞台女演员杀人事件◆
80（83）流浪画家杀人事件◆
209（225）龙神山坠崖事件◆
7每月一件礼品打单事件
126（133）观光剧团杀人事件（前篇）◆
9天下第一夜祭杀人事件
101（107）初爱恋人回想事件（后篇）
182（196）九道门大搜索◆
58（60）福尔摩斯迷杀人事件（后篇）X
62（64）幽灵船杀人事件（后篇）◆
138（148）终究播映杀人事件（前篇）
174（185~188）二十年的杀意新佛尼号持续杀人事件★X
63（65）大怪兽哥梅拉杀人事件
150（160）汽车爆炸事件的本相（前篇）◆
211（227）五彩传说的水中豪宅（后篇）◆
91（94）抢匪住院事件
158（168）沉默的环状线◆
30（31）不在场证明杀人事件◆
139（149）终究播映杀人事件（后篇）
37（38）神仙掌花杀人事件◆
159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆
2董事长令媛绑架事件
153（163）园子伤害的夏季物语（前篇）
48（49）交际官杀人事件（前篇）X
72（74）三胞胎别墅杀人事件
202（217）第十位搭客（后篇）◆
176（190）与黑衣构造的再见（灰原篇）B
38（39）赤鬼村火祭杀人事件
185（200）名侦察遇害记（前篇）◆
215（231）复仇海滩（前篇）◆
131（141）竞技场无不同勒迫事件（后篇）
79（82）银行强盗杀人事件◆
187（202）黑暗中传来的奥秘枪响◆
183（197）伤害的食谱◆
189（204）危命的重生负伤的名侦察X
59（61）初次购物杀人事件◆
119（126）假面超人杀人事件◆
94（97）雪女传说杀人事件◆
109（115）侦察团大追击事件◆
105（111）盗贼个人别墅事件（后篇）
1云霄飞车杀人事件B/S
13（14）奇特的寻亲杀人事件
23（24）豪华客轮持续杀人事件（后篇）
163（174）玉轮、星星与太阳的奥妙（前篇）
42（43）卡拉OK厅杀人事件
5新支线大爆破事件
97（103）拜别美酒杀人事件◆
104（110）盗贼个人别墅事件（前篇）
156（166）本厅刑事爱情物语2（前篇）
28（29）小五郎同窗会杀人事件（后篇）
@1997年（43~85）
110（116）烹调课堂杀人事件（前篇）◆
12（13）步美被绑架事件
166（177）鸟取县蜘蛛第宅的怪事（事件篇）X
77（80）王谢持续惨死事件（前篇）X
35（36）山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
102（108）时装演员杀人事件（前篇）
205（220）本厅刑事爱情物语3（前篇）
87（90）白鹤报恩杀人事件◆
11（11~12）钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
34（35）山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
143（153）迷惑的天体观察◆
21（22）电视台外景队杀人事件◆
135（145）消逝的凶器搜刮事件◆
146（156）本厅刑事爱情物语（前篇）
206（221）本厅刑事爱情物语3（后篇）
167（178）鸟取县蜘蛛第宅的怪事（迷惑篇）X
210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
134（144）把戏爱好者杀人事件（处理篇）K
40（41）企业家令媛杀人事件（后篇）
18（19）六月新娘杀人事件
99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）
117（123）推理小说家失落事件（后篇）X
26（27）爱犬约翰杀人事件◆
6恋人节杀人事件◆
44（45）堀田三兄弟杀人事件◆
199（214）怀疑犯毛利小五郎（前篇）
195（210）意味深长的八音盒（后篇）
129（136~139）来自黑衣构造的女子大学传授杀人事件★B
61（63）幽灵船杀人事件（前篇）◆
73（75）少年侦察队罹难事件◆
16（17）古玩保藏家杀人事件
124（131）奥秘的偷袭者杀人事件（前篇）◆
154（164）园子伤害的夏季物语（后篇）
65（67）螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
184（198~199）谩骂假面的嘲笑★◆
54（56）电玩公司杀人事件B
197（212）超等跑车的圈套（前篇）◆
179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
112（118）帝丹小学七大古怪事件
133（143）把戏爱好者杀人事件（迷惑篇）K
108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
165（176）少年侦察队消出事件◆
212（228）蘑菇、熊与侦察队（前篇）
8美术馆杀人事件
171（182）黑暗中的死角（后篇）
188（203）危命的重生洞窟中的侦察团
122（129）浴室密室事件（后篇）
剧集申明（搬自度娘，本人很懒！）
130（140）竞技场无不同勒迫事件（前篇）
127（134）观光剧团杀人事件（后篇）◆
191（206）危命的重生黑衣骑士S/X
106（112）消息照片杀人事件◆
196（211）看不见的凶器小兰的初度推理◆
3偶像密室杀人事件
121（128）浴室密室事件（前篇）
81（84）当红歌星绑架事件（前篇）
136（146）蓝色古堡摸索事件（前篇）
75（77）金融公司社长杀人事件
4多数会暗号舆图事件
100（106）初爱恋人回想事件（前篇）
145（155）上野解缆的北斗星3号（后篇）
114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
74（76）死神阵内杀人事件◆
55（57）列车伎俩杀人事件◆
177（191）与黑衣构造的再见（柯南篇）B
181（195）红色杀机的夜想曲（后篇）◆
68（70）暗夜男爵杀人事件（事件篇）
118（124~125）浪花持续杀人事件★X
70（72）暗夜男爵杀人事件（处理篇）
50（51）图书馆杀人事件
51（52）高尔夫练习场杀人事件◆
115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）
120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
172（183）重生的灭亡讯息（前篇）
208（223~224）通往迷宫的入口庞大神像的气愤★◆
175（189）惨遭四次殛毙的男人◆
43（44）江户川柯南诱拐事件
170（181）黑暗中的死角（前篇）
56（58）洁净车杀人事件◆
107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
125（132）奥秘的偷袭者杀人事件（后篇）◆
201（216）第十位搭客（前篇）◆
36（37）礼拜一早晨7:30杀人事件◆
160（170）诡异的五重塔传说（后篇）◆
178（192）与黑衣构造的再见（处理篇）B
207（222）太顺利的推理◆
20（21）鬼屋杀人事件
78（81）王谢持续惨死事件（后篇）X
85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）
194（209）意味深长的八音盒（前篇）
29（30）计算机杀人事件◆
168（179）鸟取县蜘蛛第宅的怪事（处理篇）X
46（47）雪山山庄杀人事件
216（232）复仇海滩（后篇）◆