万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡派的察哈尔部，在其首级呼图克图汗（孛儿只斤・林丹巴图尔）带领下劫夺土默特部，明廷令其退兵不得，遂构造联军摆布夹攻察哈尔部。
得知努尔哈赤被捕，建州乃至辽东诸部皆大为震惊。建州中好战派主张结合蒙古诸部攻打铁岭等明朝边城，虏掠汉民，制造混乱，逼迫朝廷放人。但更多还是看得清情势，以为当前群龙无首，冒然出兵无异于以卵击石，当务之急是先选出新的首级，制止部众分裂。
黄台吉因助剿有功，被封为建州左卫批示使、右都督，但被要求将部众迁往铁岭边墙北侧一处平原居住并收缴兵器，便于明廷监控。很多重臣、部众因不甘臣服而四散，其部下部众仅剩千余人，已没法对明朝形成威胁。
于海西、野人女真，内喀尔喀五部设开元承宣布政使司（源自元辽阳行省开元路），布政使司衙门驻黄龙府；
明廷册封其为归义王，位居顺义王之下，废察罕浩特，令其搬家广宁，部众被编为二卫八所，归入大宁都司（后改成大宁承宣布政使司）统领，名义上仍属归义王麾下，实则由明廷任命亲明部族首级担负批示使。次年七月，为土默特部仇家刺杀于广宁归义王府外，年仅二十八岁，无嗣，顺义王爵位拔除。
不久后，舒尔哈齐再次建议打击，扈尔汉战死，莽古尔泰率残部向明廷要求内附，但此时李成梁已被袁可立替代，后者出于进一步形成女真内哄的目标，回绝采取。
莽古尔泰走投无路，于万历三十七年（1609年）被舒尔哈齐俘获后押送回赫图阿拉斩首，扬古利等投奔黄台吉，后者倒也不计前嫌予以采取。
遵循商定，舒尔哈齐向海西女真、野人女真偿还大片领地。同年七月，明廷为努尔哈赤制定僭越称制（此前努尔哈赤曾自称“女直国建州卫管束夷人之主”、再称“建州等到处所国王”、再到喀尔喀诸部上尊号“昆都伦汗”，尊称“神武天子”）、搏斗汉民、私行开矿等八大罪，将其与次子代善、一众随行职员一并斩首于顺天。
十一月，褚英到达毛怜卫，汇集部众万余，企图结合黄台吉攻打舒尔哈赤，但扬古利等努尔哈赤旧臣本就与褚英有隙，调拨黄台吉回绝，并尝试与明廷联络坐收渔利。
篡夺辽河河套后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈阳府；
而后十数年，明廷在辽东慢慢推行府县制代替卫所制，前后设置辽阳、沈阳、广宁、铁岭、抚顺、通化、建州、黄龙、敦化、福山等府县。
颠末比年苦战，终究究万历四十七年（1619年）攻破其王城察罕浩特，呼图克图汗本想出逃漠北，却为科尔沁部所阻，无法投降，自去汗号，献出传国玉玺（后经证为伪）。
事情并未就此结束。舒尔哈齐得次子阿敏策应，结合海西女真乌拉部、叶赫部（海西四部其他两部被灭），野人女真虎尔哈部、瓦尔喀部、窝集部，对莽古尔泰建议打击，何和礼等重臣战死，莽古尔泰逃往旧都虎拦哈达。
于北山女真、苦兀、乞列迷等族堆积地重设奴儿干都司，泰昌年间改设黑水承宣布政使司（源自唐朝黑水都督府），布政使司衙门驻永宁府。
州县制的根本是大量的人丁，为此，明廷任命左光斗卖力屯田事件，鼓励军民屯垦，将南边良种水稻引入北方，招募南边农夫到北方传授水稻莳植技术，大大促进了关外农业生长。山西、陕西、山东等地的农夫前后迁往东北，进步了人丁比例，动员了本地部族窜改出产体例，由传统的渔猎转向农耕，保护了社会稳定。
舒尔哈齐虽有几次小胜，但因内哄虎将丧失殆尽，终究寡不敌众，先败于萨尔浒，再败于赫图阿拉，流亡途中被联军追上并斩杀。联军将其麾下诸城付之一炬，其地划归抚顺统领。
四月，明廷封黄台吉为建州卫都批示使，以舒尔哈齐擅杀褚英为由，号令黄台吉部，海西、野人女真，内喀尔喀五部，日本、朝鲜出兵围歼，史称“万历犁庭”。
其他部族也按照权势大小授予土同知、土通判、土知县等职务，这些土官的权势范围与各直属府县犬牙交叉，并设榷场于其间，相互管束又相互依存，从轨制上稳定了东北的局势。
当然，对于东北庞大的情势，明廷并未强迫推动府县制“一刀切”，而是对女真、蒙古中强势诸部实施土官制代替卫所制，在满足其独立性的同时，逐步减少其军事性和战役力。
对于察哈尔、土默特、科尔沁等独立性较强的权势，明廷则先是杀鸡儆猴，对起初与努尔哈赤缔盟的科尔沁部策动进犯，其残存亲明朝权势首级被授予崇义公、辽西宣慰使。对于土默特部，仍册封其首级（即俺答汗后嗣）为顺义王，准设马市。
对此，大部分重臣以为元妃两子皆被扣押，当拥立继妃之子莽古尔泰暂执国政，少部分大臣主张拥立六子黄台吉，两派辩论不休，内部分裂之势已见端倪。就在此时，努尔哈赤胞弟舒尔哈齐也来插上一脚，他以明朝客岁已封其为建州右卫批示使为由，要求领受建州女真。
万历三十八年（1610年）三月，舒尔哈齐重兵围歼毛怜卫，褚英奋力抵当但终究被杀，建州抵挡权势仅剩黄台吉。
但万历天子却对褚英法外开恩，不但赦免其罪，还封其为建州左卫批示使（努尔哈赤旧职）、都督佥事，令其回建州清算部众为朝廷所用。如许做，一方面是因为褚英非常虔诚，对努尔哈赤早前多有劝谏，父子也是以干系不睦；另一方面，当然是持续教唆建州内哄。
他的要求直接遭到两派的明白反对，重臣何和礼、扈尔汉、扬古利等抢先拥立莽古尔泰，支撑黄台吉的大臣一度打算策动政变，但被黄台吉制止，后者终究决定率部出走，建州内部一时候士气降落、民气惶惑。
如权势较强的叶赫、窝集、乌济叶特部首级，别离被授予坊州、东宁、泰宁土知府，划归开元承宣布政使司统领；黄台吉被授予建州宣慰使，归辽宁承宣布政使司统领（后因企图谋反被杀，建州被并入抚顺府）。