接连三天强攻的失利，使当局军领袖们复苏了很多，
正在两边鏖战之时，趁乱混进城内的当局军渗入军队职员将熊本南门一段城墙曾经倾圮过的详情告密当局军。14日晨，当局军敢死队借助强大炮火的保护，冒死冲到墙根，埋设火药，炸开了那段城墙，当局军因而簇拥而入，攻占了南门。守军先在城墙上奋力抵当，继则同当局军展开巷战，打死打伤当局军3000余人，但终因经不住当局军的炮火轰击，被迫后撤。
25日至28日，桐野利秋亲率所部轮番与日本当局军大战，当局军不敌，伤亡惨痛，被迫后退，桐野利秋一度光复了东门。同时，野村忍介亦率军击退打击北门的当局军，并一度夺回核心的阵地。萨摩军前锋河野主一郎所部在艳坂与当局军苦战，持续八日夜，相互伤亡均极其惨痛。后路村田新八率炮兵四周游击，声援各部，对当局军杀伤甚重。桐野利秋和林逸青分拨各军在巷隘谨防。此时固然颠末连日苦战，熊本守军伤亡很大，但士气仍然高涨。
当局军从17日起，为打通进入熊本城的通路，持续四天猛攻熊本东门，并以80门大炮支撑，势在必得，成果被筱原国干所部逐次击退。21日，当局军再度集结猛攻，并由俄军出动哥萨克马队千余人包抄，血战近五小时，终因城门内棉花堆栈起火，东门陷于敌手，筱原国干率军退守堤头。此役萨摩军监军伊东直二阵亡，筱原国干所部伤亡3000余人，保卫东门的萨摩军官兵几近全数阵亡于阵地之上。当局军伤亡近5000余人，门路上叠尸重重，人马几不能行进。
当局军打击东门时，亦别离进犯光亮寺、有马台、胜古神社一带，别离遭别府晋介、西乡小兵卫部击退。22日，林逸青又率奇兵队在南门击退了当局军的打击。至此，萨摩军已与当局军血战12日，据外人记录：“萨兵虽少，皆搏命向敌而战，最可畏者，林逸青所部奇兵队耳；盖林军有进无退，每为各军之先，虽受枪炮，前者毙，后者又进，其猛处诚有非他军所可对比者。”
当局军从南门入城后，便北上共同城东北的当局军夹攻城内的萨摩军主炮台。炮台守军虽腹背受敌，仍英勇作战，在毙伤当局军千余人名后撤离并引爆了预先埋设的火药，完整炸毁了炮台，攻上炮台的当局军兵士全数被炸身亡。(未完待续。。)
植木之战的当天，当局军的第1、第二旅团达到了田冈，然后缓慢南下。当局军还将北面的军队增加到六个大队，一起从本道，另一起从山鹿口，向高濑进击。23日，两边在木叶发作了战役。当局军的兵力为六个大队12000人，萨摩军也投入了9000人。这一战仍以当局军的失利而告终。当局军将主力放在木叶川沿岸与萨摩军的神宫寺队对峙，但是没有想到萨摩军从木叶山一线迂回了过来，横扫当局军的侧后。当局军被击溃，各部完整丧失了批示，溃不成军，四散奔逃，当局军批示官山治元治少将本人也差点堕入萨摩军的包抄中，幸亏运气好，才得以脱身。《西南记传》中如许记录：
早在8月13日，九州岛南部的萨摩防军收到参谋本营的声援号令。14日，回鹿儿岛募军的宫崎八郎率新募军从鹿儿岛解缆。17日下午四时从人吉解缆，夜十一时达到电信局，得知当局军已进入熊本县境内。19日，宫崎八郎率军北上。20日，宫崎八郎制定了间道行进、在熊本城南与城内相照应的目标。21日，宫崎八朗急行军解缆，夜里达到南关。部下平野正助带领的军队向山鹿，相良五左卫门、新纳清一郎带领的部↓，队向高濑进发。
23日，当局军救兵 21000余人在山县有朋的带领下进抵熊本。野津道贯随即召开军事集会，决定持续强攻熊本。会中将熊本战区重新分派，野津道贯军卖力熊本西、北、南三面，以南面为主；山县有朋军卖力东面，并禁止长崎方向前来的萨摩军救兵。
10月1日，当局军救兵12000人重新策动打击，并在城门外架炮向城内轰击。林逸青再次亲身率兵夜袭。当局军撤退。第二天。山县有朋不顾伤亡又一次策动打击。又被击退。
从10月2日至4日，交兵两边几近每天都构造数千人范围的打击，战役相称狠恶，在日本当局军的狠恶打击陷，萨摩军因兵力军器不敷，垂垂处于下风。10月5日那天，当局军第五次猛攻北门，将北门攻破。在东门，当局军于10月5日晚以死囚构成的敢死队数百报酬前驱，踩爆萨摩军埋设的地雷，一度冲进了东门。守军奋力抵当，内城的住民也操纵暗夜打冷枪、发射火箭、以刀剑砍杀敌兵，主动共同萨摩军打击仇敌，但到天明时，东门终究沦陷，守军全数阵亡。当局军开端从东门和北门一拥而入，同萨摩军展开巷战。
“萨军数千人早已自木叶山迂回，以掩杀稻佐后背，辎重搬运的夫子，错愕狼狈，弃车而走，官军亦崩溃。正面之萨军，乘势乱进，其状如大水决口，绝难抵挡。山治少将欲将溃兵集结于后卫线，急驱就其地，偶有萨军处稻佐之岔路，加以偷袭。坂谷大队长率兵卒两名，进战而死。时正傍晚，冻雨扑衣，硝烟塞面，天涯之间，不辨敌我。两军混斗，白兵相逼，乃至赤手相博。真是一副活修罗场，其惨其凄，难以名状。”
“官军败战又败战，未遑清算步队，而萨军尾击又急。依功力上尉、中山中尉等清算溃兵数十，阻击稻佐之萨军。”
固然战局倒霉，但萨摩军诸将仍然率军英勇奋战，为了制止堵截长崎与熊本间的陆上通路，贵岛清带领一队萨摩军出城。与14日起与当局军大战，击毙当局军甚多。左路中岛健彦部与边见十郎太部。于15日到达海岸一带，保护公众撤离。为了制止当局军来袭，萨摩在此处构筑了一座临时炮台，集合了带出来的统统大炮，派阿多壮五郎率1000余人戍守，熊本守军则降落到了33000人，而当局军集结的攻城军队则达到了约60000人。
“官军久苦战之，山治少将以其马既疲，换其吉平大佐之马。偶中弹丸，苦嘶奔逸，将陷敌中。未几，马毙，少将坠地。萨军挥铳迫之。大桥联队长以身翼蔽少将，因此堕入重围当中，白刃乱下。摺泽上尉亦鼓勇返战，遂中数弹。少将得间走，与一队共涉木叶川，得以达到寺田山。”
因为核心作战的失利，当局军对熊本城的合围也是以而突破，野津道贯沉着判定结局势以后，命令持续强攻熊本城，
10月3日，当局军兵分三路大肆打击，筱原国干亲至阵前督战，当局军集合炮火猛轰，萨摩军炮兵因连日苦战，弹药不敷，炮火很快被当局军压抑，战线摆荡。筱原国干身着玄色礼服，披红披风，手执战刀，骑于顿时，来往奔驰批示，山川浩认出了筱原国干，告诉了山县有朋，山县有朋命令向筱原国干地点的方向射击，当局军枪炮齐射，一时候弹如雨下。筱原国干身中三弹，犹奋力砍杀敌兵。死战不退，摆布劝其暂避，筱原国干言曰：“此致命遂志之日也，虽及死不得退此一步。“，未几，乱枪射来，筱原国干，遍体鳞伤，衣袍尽赤，犹奋臂批示督战，最后飞弹洞胸，坠于马下，殁于阵中。同时殉难者另有越山休藏、松谷英孝等军人首级。不过萨摩军并未因丧失身为实际前敌批示的筱原国干而受挫败，仍然奋勇冲杀，获得了此次战役的胜利。亲历此战役，作为萨摩军联盟的熊本军人首级池边吉十郎有诗：“君不见熊本之险险于城，高耸摩空路峥嵘。烟笼高濑川边水，风卷三岳峰上旌。一朝传警笑相待，忽闻千军万马声。硝烟为云弹为雨，懦夫一命鸿毛轻。号令声和巨炮响，山叫谷吼乾坤轰，炮声绝处松声寂，一轮皎月照阵营。” 就是此次苦战的实在写照。
筱原国干的尸身被送回西乡隆盛地点的参谋本营时，仍然裹着如血一样殷红的大氅。西乡隆盛看到筱原国干的尸身，哀痛难禁，失声痛哭。志在“挞伐四方” 的筱原国干终战殁于故里的地盘上，而更多如筱原国干一样的交兵两边的日本军人们，还要持续担戈披甲，在弹雨纷飞、炮石交坠的疆场上为日本军人最后的荣光奋战抢先。
从当时的兵力对比看，熊本一带的当局军起码城内的萨摩军多四至五倍，居于绝对上风。如果日本当局军与俄军密切共同，实施豆割包抄的战术，有能够将分兵扼守熊本城表里的萨摩军各个毁灭。但因为野津道贯一心想要由当局军拿下萨摩军最后的堡垒熊本。乃至丧失了无益战机。
此战当局军投入4000人，萨摩军则约5000人。固然两边的伤亡均不大，萨摩军战死300余人，伤125人；当局军战死402人，伤225人。但是当局军焚毁物质，狼狈撤退，还被夺走了联队旗，无疑是很丢人的败仗。宫崎八郎带领核心萨摩军的胜利对在熊本城攻防战中懊丧下去的萨摩军士气是一个极大的鼓励，萨摩军还特地将夺来的第十四联队旗挂在阵前，耀武扬威。
但此时，在野津道贯的一再申请下，又有14000人的当局军（随带火炮69门）进抵熊本，这时进抵熊本城下的当局军总数已经靠近了80000人。29日拂晓，当局军于光亮寺南路构筑炮台，三面猛攻萨摩军阵地。次日，又以巨型臼炮再攻，萨摩军以75毫米炮12门，120毫米炮6门反击，两边炮战正酣之际，林逸青率奇兵队300人趁机突入当局军炮兵阵地，击毙当局军511人，炸毁重炮3门。山县有朋得知林逸青现身，立即号令山川浩大佐率拔刀队前去截杀林逸青，但山川浩达到时，林逸青已然率部下退走，只留下一地的死尸和破坏的火炮。
颠末会商，野津道贯再次做出了“二策并行”的决定，即以三分之二的兵力持续围攻熊本，三分之一的兵力南下，扫清南九州，“剪其羽翼”。
9月2日。由永山弥一郎带领4800人。从长崎乘船前来声援熊本。当局军前来截击。野津镇雄亲身督战，所部当局杀伤萨摩军1000余人，夺得大炮两门，令一起当局军绕到侧掉队攻，永山军两面作战，表示极其英勇。7日，当局军一再声援，永山军于血战七日夜后得胜。全军崩溃，永山弥一郎见事不济，掏钱买下了一间民房，自焚于此中。桐野利秋在得知永山死信以后慨叹：“我军丧失了一员无可替代的勇将。”永山弥一郎是在会商起事题目时最反对举兵的人之一，而他的死，却并不见得比曾斥责他为“怯懦鬼”的筱原国干，来得脆弱半分。
萨摩军展开散兵线时，已经是傍晚六时。宫崎八郎在日记中说当时“夕晖已没，狗吠远传，四边萧然”。当局军在黑暗中等候着萨摩军的进犯，但是没有想到是萨摩军为了节流弹药，乘着黑夜悄悄摸近，筹算以白刃战处理题目。当局军先发明了萨摩军的意向，开端射击，萨摩军佯装撤退，却将精锐的拔刀队埋伏在门路两侧。追击的当局军遭到拔刀队的俄然进犯，狼狈撤退。跟着战役的展开。行军中后进的萨摩军兵士也连续插手战役，向当局军冒死射击。苦战中。萨摩军的摆布两翼迂回到当局军的侧后，对其停止侧射。当局军一时大乱，开端败退，军官命令烧毁弹药物质，然后后撤到千本樱一线。当时，当局军第十四联队河原林雄太少尉十余名流兵他卖力保护联队旗。但是在混乱的后卫战中，河原林少尉却被萨摩军杀死，当局军第十四联队的队旗也落入萨摩军手中。
10月7日，攻进熊本城内的当局军已增至17000余人。当日，野津道贯召开军事集会，决定分兵两路进犯内城，一起由野津镇雄所部沿主道进步，曾我佑准所部为后盾，从界河东岸向北打击萨摩军炮台及熊本城东北，堵截河东萨摩军与城内参谋本营的联络。另一起由山田显义带领，山治元治所部为后盾，打击熊本城南门。
10月8日夜，界河东岸的当局军向北打击，9日拂晓炮击萨摩军贵岛清等部阵地。10日上午7时摆布，当局军炮击熊本城东南壕墙外的火药库，引发了狠恶的爆炸。当局军乘机强攻萨摩军各阵地，并向萨摩军炮台打击。至13日中午12时，萨摩军被迫撤出各阵地，纷繁向南郊败退，当局军乘胜进抵东南城下。界河西岸的当局军于13日凌晨出城南面土墙，经光亮寺向熊本城南门进逼，炮兵则在城南面壕墙上炮击熊本城区。南门表里萨摩军抖擞抵当，西门四周的萨摩军炮兵开炮轰击光亮寺四周的当局军。此前，城门外住民已挖开河堤，使当局军被阻于光亮寺四周一带，颠末商讨，当局军批示官决定架桥强攻。
这一战当局军的详细伤亡并无精确数字，山治元治在当天的日记中也只是说：“本日大战，大桥联队长、吉平大佐战死。”大抵是败得太惨，成心躲避。
22日早六时，宫崎八郎从南关解缆，在高濑稍事歇息后，下午一时向植木进步。达到木叶时，乃木在木叶车站外与别的两支军队汇合，得知了熊本被围攻的动静，因而窜改了本来的打算。决定取道高濑。全军进入熊本城助防。然后持续南进。进步到了植木。另一方面，当局军也得知了萨摩军南下的动静，派出第五旅团和第四旅团前去植木以南的向坂阻击。宫崎八郎派出小军队窥伺，得知当局军向大漥撤退（估计这是当局军的小股窥伺军队），他号令全军南进至向坂，在此修建阵地，展开散兵线待敌。
以后当局军调剂了摆设，主力开端向北挪动。第四旅团向山鹿方面进发，第一旅团向田原坂方面进发，第二旅团以落第六第七结合旅团向木留进发，第三旅团则卖力守备海岸线。留下围城的军队由第五旅团新任旅团长山田显义少将批示，兵力为第2、3、4、5、七旅团的一部以及协同队等，总计十六个大队，总数约30000人。