马刺在新失罗宾逊的环境下，尽力磨合着9名新队员，停止12月3日仅仅交出了9-10的成绩。但是，马刺并不是没有机遇逆转颓势。他们在年底连胜13场，重返联盟榜首。马刺为保住西部第一的位置一向奋战到了赛季结束，并以一个11连胜为通例赛扫尾，但可惜以一场之不对失赛区冠军和西部最好汗青成绩。
主裁丹-克劳福德与两名裁判一遍遍回看录相，终究认定费舍尔在时候还剩0.1秒时脱手，以是进球有效，马刺遗憾出局。
邓肯身边的另一名外线大卫-罗宾逊也表示超卓。这名全明星球员在他效力马刺的这第10个赛季中，在总决赛的系列赛内里均匀每场获得16.6分、11.8个篮板和3.0次盖帽。同时，这也使得圣安东尼奥成为了第一支夺得nba总冠军的前aba联盟的球队。
第五场“天王山之战”，之前26投10中的科比在还剩11.5秒时投中一球，湖人72-71抢先。随后邓肯在高位接球，奥尼尔紧贴。邓肯向里运了两次球，来不及看时候，邓肯向左火线侧仰，迎着奥尼尔的巨掌，用一个不法则的行动将球扔进篮筐。马刺73比72。可惜邓肯留给了敌手0.4秒。持续三次停息过后，佩顿在界外乘机发球，奥尼尔佯下篮下，带走戍守球员；科比跑到三分线外，吉诺比利和霍里上去夹攻；德里克-费舍尔身前空空如也。顷刻间，佩顿将球抛了出去，费舍尔翻身在空中将球信手掷出。皮球划出高高的弧线，栽进篮筐。
而在赛季结束后别的一件事情引发了人们的存眷。先发的小前锋肖恩-埃利奥特流露他是在需求接管肾移植的环境下对峙比赛的。同一种罕见的肾部疾病作斗争的埃利奥特在8月16日接管了移植手术。他的兄弟诺尔捐募了本身的一个肾。
马刺在他们最后的62场比赛内里获得了46胜16负的成绩。和邓肯一样，罗宾逊也被选入西部全明星队，并在各项技术统计上都名列前茅：得分21.6分（第10），篮板10.6个（第5），盖帽2.63（第5）以及40次两双（第9）。
马刺拿到了和湖人对决时的主场上风，他们的连胜势头在一上来的两个主场还得以持续，但是在洛城sbc中间却俄然没了手感，被马刺连扳两城。全部圣安东尼奥都想把科比生吞活剥――球迷乃至也打出了“滚蛋吧，*犯”的标语牌，让科比恍然觉得来到了纽约。
“双塔”：邓肯和罗宾逊（1997－2003）
1999年，nba因为劳资胶葛一度停摆，通例赛也是以从82场变成50场，就在这个特别的赛季里，马刺队在“双塔”的带领下闯进季后赛，接着又一起横行，终究杀入总决赛，并以4比1克服了纽约尼克斯队，这是马刺队汗青上第一次实现总冠军之梦，邓肯也被选为总决赛mvp。
本年的马刺与以往大不不异。2001年nba选秀大会上选中的法国明星球员托尼-帕克已经成为了球队首发控球后卫。别的，马刺阵容还集结了一批新得来的三分离，包含斯蒂芬-杰克逊、丹尼-费里、布鲁斯-鲍文、史蒂夫-科尔、史蒂夫-史女人以及1999年二轮签抽中而本年才开端其nba菜鸟赛季的阿根廷“妖刀”马努-吉诺比利。
1997－98：邓肯到来，马刺从天国到天国圣安东尼奥马刺队晓得他们会在1997－98赛季中获得很大的进步。毕竟，他们刚畴昔的赛季的20胜62负的成绩也是球队25年nba汗青上最糟糕的。但是，他们优良的表示还是很快让很多的nba球队感到吃惊。
以中西部赛区第一身份进入季后赛后，马刺迎来的第一个敌手是承平洋赛区第四菲尼克斯太阳队。第一场比跑马刺队就送给了球迷们一个“欣喜”，95：96一分输给西部第八太阳队。太阳队新秀阿玛雷-斯塔达迈尔操纵开场前7.9秒的三分把两边拖进加时赛并终究险胜。这场比赛，马刺全队罚球41罚仅26中。固然首轮告负，马刺队仍然仰仗高出一筹的气力拿下了第2、3、5、6场比赛，顺利进级。
马刺残局并没有设想中的顺风顺水，以19－13的战绩进入一月。一月份马刺全新的体系开端逐步成型，随后在持续的9个主场比赛里拿下8场，重登榜首。马刺队一起高奏凯歌，在赛季结束前抹去了7场胜差，与达拉斯小牛队并列博得nba最好战绩。蒂姆-邓肯随后突破平局，帮忙马刺博得了队史第三个赛区冠军，本身也理所当然地博得了职业生涯第二个nba最有代价球员奖。
2003-04赛季二度夺冠后，大卫-罗宾逊的退役使得圣安东尼奥畴前令人胆怯的戍守不复存在。季后赛英豪史蒂夫-科尔（stevekerr）和老前锋丹尼-费里（dannyferry）也垂垂步入生涯暮年。与此同时，替补控卫斯比迪-克拉克斯顿（speedyclaxton）转投懦夫，斯蒂芬-杰克逊远赴亚特兰大。为了弥补阵容轮转中存在的多处缝隙，马刺在赛季前前后签约了几名重磅球员。从明尼苏达丛林狼队签约的中锋拉休-内斯特洛维奇（rashonesterovic）弥补了球队落空罗宾逊后的缺憾。马刺随后又低薪捡到了因获得布拉德-米勒（bradmiller）而遭到萨克拉门托国王队丢弃的希度-特克格鲁（hedoturkgolu），后者代替杰克逊担负了锋线得分机器的职责。不过赛季前中最惹人谛视标签约还属加盟老将罗伯特-霍里（roberthorry）。这位人称“关头先生”（亦称“六月先生”）的前锋具有非常刁悍的心机本质以及超卓的贴身戍守技术。他的加盟为马刺队角色球员阵容中增加了浓墨重彩的一笔。
季后赛中，马刺还是状况炽热，4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮，马刺遭受“老朋友”洛杉矶湖人队。之前一年，马刺4比2淘汰湖人，让“ok”组合在斯台普斯球馆里大肆飙泪，同时也阻却了敌手四连霸的诡计。现在再度拍马叫阵，两边各有考虑――湖人想证明客岁只是个不测，而马刺想用一次连冠来镀一镀王朝的金身。总之，他们必须从敌手的身上踩踏畴昔。而罗伯特-霍里赛季前从湖人转投马刺；卡尔-马龙舍圣城而奔洛城，无疑为这组对决火上浇油。
冠军形状（1999至今）
在大卫-罗宾逊伤愈复出（他因为受伤而在上个赛季仅出场6次），以及1997年nba的选秀状元蒂姆-邓肯插手以后，马刺队又再次完成了nba汗青上单个赛季上最大的胜场进步，他们赢下了56场比赛并打入了季后赛的第二轮。
邓肯持续第二年被选入nba的第一阵容。他同时也是nba中独一一个在得分21.7（第6）、篮板11.4（第5）、盖帽2.52（第7）和投篮射中率统计49.5%（第10）中都名列前10的球员。
在这个赛季里，邓肯均匀每场获得21.1分（nba中排名第12），11.9个篮板（第3），2.51次盖帽（第6），并获得了最多的57次的两双。他被选入了nba全明星阵容，并毫无牵挂地摘得了年度最好新秀奖。
西部决赛，马刺迎来了最微弱的一个敌手――达拉斯小牛队。两队的比赛相称胶着，但在第二场较量中，小牛当家球星德克-诺维茨基在比赛中与马努-吉诺比利的一次相撞受伤，导致了前者随后三场比赛的缺阵。马刺顺利地4-2克服敌手，进级总决赛。总决赛敌手新泽西网队在东区决赛中以4：0横扫了底特律活塞队，坐看马刺苦战6局出线。而马刺队与网队的总决赛实在能够用“丑恶”来描述，马刺队有些漫不经心，始终保持着胜一场输一场的节拍，仿佛铁着心要在故乡球迷面前夺一回冠，邓肯永久不温不火，不知不觉持续拿下了14个两双！网队在马刺的戍守面前无所适从，主动权一向把握在马刺手中。马刺再次不出料想4：2克服了敌手，因而博得了球队汗青上第二个nba总冠军。邓肯加冕nba通例赛和总决赛双项mvp；大卫-罗宾逊带着总冠军戒指在圣安东尼奥告别了14年的nba生涯；老将史蒂夫-科尔终究能将一只手的5根手指都套满总冠军戒指了；威利斯、史女人、费里、帕克、吉诺比利、巴特尔等人也第一次亲手触摸到了奥布莱恩杯。
埃利奥特在17场季后赛中均匀每场出场33.8分钟，并且他完成了闻名的“阵亡将士记念日的古迹”。在那一天的比赛中，他在还剩下9秒时，踮着脚尖极力保持身在场内，并射中了一个关头的三分，帮忙马刺队在西部决赛同波特兰的第二场比赛中以86比85反败为胜。
在季后赛的首轮中马刺队遭受菲尼克斯太阳队。但关上菲尼克斯人通往下一轮比赛的大门的，不是太阳队主锻练一向担忧的邓肯和罗宾逊，而是“小将军”约翰逊。这名5尺10寸的控球后卫的身边一向有马刺需求一个更强健的控球后卫的传言，而他在同太阳队的系列赛中均匀每场获得球队最高的20.5分外加6.0次助攻，帮忙球队3比1取胜。
圣安东尼奥的这个冠军赛季有一个糟糕的残局，他们在2月仅仅获得6胜8负。但球员们终究找到了最好的比赛状况，同时在经历丰富的扭捏人马里奥-埃利进入先发阵容后球队也一下子找到了胜利的感受。在他们慢热的残局后，马刺以31胜5负完成赛季，并且他们在全部季后赛中的成绩为15胜2负。
1998―99：第一冠圣安东尼奥在这个缩水的赛季的第一个月中表示不佳。但一旦马刺队找到比赛的感受以后，就再没有人能反对他们第一次夺得nba总冠军的脚步了。在同纽约尼克队的第五场总决赛中，约翰逊在还剩下47秒时射中了跳投，帮忙球队获得了78比77的胜利，也使得球队举起了冠军奖杯。蒂姆-邓肯在这个系列赛中均匀每场拿到27.4分、14个篮板和2.2次盖帽，并被选为总决赛的mvp。
第二轮马刺队迎来了洛杉矶湖人队。在过往的几个赛季里，马刺曾多次被湖人击败。不过眼看湖人队日渐衰弱，马刺复仇的机遇到了。他们一开端便在主场以87：82击败了湖人。前两场比赛，仰仗着邓肯、罗宾逊和鲍文的超卓阐扬，马刺没有让故乡球迷绝望。但来到洛杉矶后，马刺前两场的上风消逝殆尽，湖人主场两连胜扳平了总比分。第5场比赛回到马刺主场，湖人“关头先生”罗伯特-霍里最后一击失手，2分惜败马刺。洛杉矶人感到了不祥之兆。回到湖人主场，马刺队110：82让”ok”组合哭了个痛快。
在同犹他爵士队的西部半决赛中，马刺队持续表示出激烈的争冠气势。但他们还是没法找到破解西部卫冕冠军的体例。固然邓肯砍下了33分，犹他还是以83比82险胜第一场。在第二场中，犹他颠末加时以109比106得胜，而马刺队赢球的但愿在邓肯扭伤了他的脚踝以后变得迷茫起来。固然圣安东尼奥回光返照般的赢下了第3场，但他们还是以1比4输掉这个系列赛。
2000年到2002年，因为处于“湖人王朝”期间，马刺队两度遭湖人队淘汰。
2002-03――第二冠进入2002－03赛季，马刺晓得这将成为大卫-罗宾逊在球队新主场圣安东尼奥sbc中间（后改名为at&t中间）交战的最后一个赛季。为了铭记这个特别的时候，马刺更新了“嘉韶华彩色”队标，回归原始的银、黑图形（固然在“嘉韶华彩色”队标期间球衣还是利用的是银色和玄色）。