镰仓幕府设有军事办理机构侍所、行政措置机构政以是及专司刑律机构问居处，还设置了京都保护、镇西推行及奥州总推行等职，构成了一套完整的政权构造机构。在武家内部，作为武家首级的幕府将军与“御家人”则以互利的情势结成了主仆干系。“御家人”本以源赖朝起兵调集的东国军人为主，幕府建立后，源赖朝在西国也设置了御家人。
1192年，后白河法皇归天，后鸟羽天皇亲政，亲政不久，他便封源赖朝为“征夷大将军”。受封后的源赖朝并没有去京都任职，而是在镰仓建立了本身的政权机构，史称镰仓幕府，从这天本进入幕府统治期间。
汗青舞台上，老是你方唱罢我退场，向来都不贫乏灿烂一时的角色。作为镰仓幕府的创建者，源赖朝无疑就是阿谁期间的配角。从一个被放逐的阶下囚到手握重权的天下霸主，源赖朝仅仅用了五年的时候。在这个过程中，他所表示出的对政治职位的敏感、对权力斗争的勇敢，乃至是对家庭权势的稳固，与其长久却首要的五年一样，都为其增加了更多的传奇色采。汗青以旧事的面孔逐步在淡化一些细节，但源赖朝与其镰仓幕府却以光鲜的色采仍然吸引着后代之人的目光。
进入京都的源赖朝为了“挟天子以令诸侯”，并没有拔除后白河上皇，而是勒迫后白河上皇下达了命本身催讨源义经的号令。
1188年12月，源赖朝仰仗其强大的军事气力，命藤原秀衡交出源义经，藤原秀衡对峙不交，但是其子藤原泰衡却杀死了源义经，向源赖朝投降。过后源赖朝又以殛毙源义经的罪名，策动天下的保护和地头，亲率雄师毁灭了奥州藤原氏，节制了奥州。颠末此次挞伐，源赖朝进一步稳固了本身的权势，其所制定的保护和地头轨制也日臻完美，其在日本的统治职位更加安稳。
后白河上皇对源义经的依靠，让源赖朝很不对劲，他感到本身的职位遭到了威胁，继而将统统肝火宣泄在了弟弟身上。两兄弟的干系日趋严峻，冲突不竭激化。而这恰是后白河上皇想要看到的，他之以是重用源义经，就是要源氏两兄弟反目成仇，鹬蚌相争，渔翁得利，并以此庇护本身的统治职位。
幕府将军任命御家报酬“保护”或者“地头”，使家传下的领地合法化，或授予在战役中建功之人新的领地（“新恩赐与”），或代其向朝廷申请官位，这被称作“御恩”。御家人平时担负京都、镰仓的戒备事情，假定产生战事，则要自备兵器出战，并承担经济承担与任务，称为“营私”。
1199年，源赖朝归天，宗子源赖家担当将军位。当时源赖家只要18岁，贫乏其父的政治才气，贫乏对御家人的统御才气。为了稳固本身的职位，建立权威，源赖家架空幕府元老，倚重本身的母家，这引发了以北条氏为首的御家人的极度不满，为争夺实际节制权，御家人内部也各起狼籍，镰仓幕府的统治岌岌可危。
1185年10月，后白河法皇号令源义经调集军人讨伐源赖朝，成果无人呼应，反倒让源赖朝抓住了可贵的机遇。他率领雄师攻袭京都，迫使源义经从京都逃至奥州，投奔那边的藤原秀衡。藤原秀衡是以奥州为中间的奥州藤原氏的第三代，时任镇守府将军，他帮忙源义经与源赖朝对抗。
自1180年伊豆起兵，到1185年2月年荡灭平氏，仅仅用了5年时候，安然期间末期武将源义朝之子源赖朝就从一个被平氏放逐的罪犯，成为了天下的霸主。在毁灭平氏的过程中，源赖朝弟弟源义经着力最多，能够说是最大的功臣。是以在源赖朝安定天下不久，他即派弟弟源义经去安然京（今京都）代表本身与朝廷谈判。也就在这一期间，源义经与后白河上皇（太上皇）为首的院厅的干系逐步密切起来，并获得了后白河上皇的信赖与重用。
1185年11月末，源赖朝以催讨源义经和整治治安为名，逼迫后白河法皇承认本身在属地设置的保护、地头的合法性，并要求将这一轨制扩大到天下。每一国设置保护以保障治安，设置地头以查抄租税的交纳。设置保护和地头，是源赖朝具有决定性的一步。今后，源赖朝掌完整把握了全部日本的军事和政治力量。