天启七年（1627年），明熹宗驾崩，明思宗朱由检即位，设想将魏忠贤撤除，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。同年七月，袁崇焕返回都城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕宣称本身能够五年复辽，朱由检对此大加赞美。给事中许誉卿问袁崇焕复辽的战略，袁崇焕却说是用这类话安抚皇上。许誉卿说：“皇上贤明，怎麽能够随便应对。他日遵循刻日寻求效果，你该怎麽办？”袁崇焕也感觉本身讲错了，因而上奏说：“五年复辽的打算不轻易完成，陛下既然拜托给臣，臣怎麽敢推让这艰巨的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应东西，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷表里事事共同，才气有所胜利。”朱由检因而让四部的臣遵循袁崇焕的话办。[26]
己巳之变
但不久以后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦他杀而死。后金军超出蓟州往西，直逼都城，袁崇焕忙率兵保护京师。朱由检召见袁崇焕，犒赏御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途驰驱，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回绝。因而袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门布阵，祖大寿于南面布阵，王承胤在西北布阵，袁崇焕在西面布阵以备战，中午时候，清马队从东南面打击，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金兵力战祖大寿不下，因而撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵停止追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。出兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有调派任守忠带领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]
袁崇焕惊骇本身去往边关今后，朝廷中不免有人会再次诽谤本身，因而将此事奉告朱由检，朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为遭到架空谗谄，使本身的志愿难以伸展，袁崇焕因而又上书说：“规复辽地的战略，不过乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，戍守是正规的战略，攻战是变通的战略，和议是帮助战略的说法。法律在循序渐进而不在突变大进，在寻务实效而不在妄图浮名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於挑选用人的入，与被人用的人，都是皇上把握此中的关头。怎麽才气用人而不三心二意，信赖而不思疑？因为把握边防大臣与朝廷大臣分歧，军中可惊可疑的事特别多，只该当议论成败的大局，不必摘取一言一行的藐小不对。事情的任务既然严峻，招致痛恨实在多。各种无益於边陲的事情，都是倒霉於本身的。何况谋取仇敌急，仇敌亦从而诽谤，是以作边陲的大臣很难。陛下珍惜臣体味臣，臣何必过於疑虑惊骇，但心中有所危惧，不敢不奉告。”朱由检发优诏答覆袁崇焕，并犒赏蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推不接管辞蟒袍玉带。[27]
愤而去官
崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以私行与后金军媾和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕极刑，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟正法，家人被流徙三千里，并抄没产业。
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都获得了应有的犒赏，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的翅膀弹劾袁崇焕不救济锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。尚书霍维华为此感到不平，上疏祈求辞去荫袭子孙的犒赏，但魏忠贤不准。七月，袁崇焕去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙固然能管束后金军，但毛文龙破钞的赋税实在太大，袁崇焕上书要求让朝廷派人来办理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜好有文官监制着本身，因而上书辩论。而后毛文龙前来拜见袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼欢迎毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕因而决定杀掉毛文龙。[29]
而后袁崇焕聘请毛文龙旁观将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了以后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我凌晨就走，你担负外洋的重托，请受我一拜。”毛文龙回拜以后俩人开端登山。路上袁崇焕问侍从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在外洋悠长劳累，每月禄米只要一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国度极力。”世人都叩首伸谢。[31]
下狱正法
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]
尤世禄刚要整备解缆，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼戍守，在濠沟内排布阵营，用炮远间隔轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。[23]
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
袁崇焕杀了毛文龙以后，惊骇他的部下叛变，因而增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，民气背叛，难以利用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是管束仇敌所必须依托的。现肯定两协的体例，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”天子朱由检对兵员减少军饷却增加的事感情应疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就承诺了他。[33]
后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
重新见用
蒲月，皇太极从朝鲜退兵后，率兵直抵锦州，将其包抄。赵率教与纪用一方面闭城死守，一方面调派使者媾和，想以此迟延时候等候救兵，使者跑了三个来回仍旧没有决定，而后金军的守势越来越猛。袁崇焕以宁远的兵力不能等闲变更，因而让尤世禄、祖大寿带领精锐马队四千绕到雄师前面决斗，另调派水军从东面停止管束，并要求蓟镇等地出兵东护关门。明廷命山海关的满桂移驻前屯，三屯孙祖寿移往山海关，宣府黑云龙移往一片石，蓟辽总督阎鸣泰移到关城，又变更昌平、天津、保定的军队奔赴上关；传檄山西、河南、山东等地的守将整备好兵马听候调遣。[22]
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其辩论，袁崇焕厉声斥责毛文龙，命令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不平，袁崇焕因而列数毛文龙的十二条罪行，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[32]
但后金军退兵后，袁崇焕却被定罪。当初后金军进入的关隘是属于蓟辽总理刘策所统领，而袁崇焕得知后金军入关，直逼都城，因而千里迢迢赶来救济，自以为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人以为是袁崇焕放清兵入关，因而纷繁诽谤袁崇焕与后金军有勾搭，朱由检对此也很思疑。此时后金军也设想诽谤，说袁崇焕与后金军有奥妙商定。十仲春，朱由检将袁崇焕下狱。[39]
杀毛文龙