回到城裡时狂欢节正在停止。统统苦工都是黑人完成，托利党人菲茨罗伊认為这很公道，他说曾问过一个仆从主，此人问他的仆从们是否不满於近况，是否要求自在，成果仆从们答复「不」。
在达尔文研讨物种演变时，物种行為的无情性引申出的社会心义，常常被非国教论者及无神论者视作进犯英国国教会的实际的手腕。
固然如此，达尔文仍然会引述圣经作為品德权威，却攻讦一些旧约中的歷史陈述。
当他看到欧洲定居者在南美洲，纽西兰和澳大利亚对土著人的暴行后，他便激烈反对仆从制，也对这些蛮横行為感到哀思。
他细心地记录了大量地理征象、化石、和生物体，并且体系地汇集了很多标本，它们中的很多是科学上的新物种。
在阿尔塔高原的搜刮中，他找到了一些庞大的已灭尽哺乳植物的化石。又带回一块下顎骨，他认為这属於前洪积世的地獭。
而一个植物的头盖骨在他看上去竟仿佛是非洲犀牛的。别的，他判定一些植物甲片来自於该地区一种常见犰狳体积两至三倍大小的史前巨型犰狳身上，但受误导，转而信赖是四周发明的大地懒属的遗骸的一部分。
他偏向信赖痛苦是天然法例，多於神的试练。当他被问及他的宗教取向时，他指出他向来不是无神论，但不成知论是对他的心机更準确的描述。
小猎犬号再次回到蒙得维的亚，菲茨罗伊準备派3个火地岛人和1个英国人上火地岛布道。
在他们解缆之前，罗伯特菲茨罗伊送给了达尔文一卷查尔斯赖尔所著《地质学道理》（在南美他获得第二卷）。该书将地形地貌解释為冗长歷史时候渐进演变的的成果。
菲茨罗伊船长一向都在写小猎犬号路程的官方日誌，在观光的绝顶，他读了达尔文的日记，然后让他重新点窜一遍以便在《天然史上》充当第三卷。
在经歷了智利的地动后，他发明貽贝的床基高高地停顿在潮汐之上，这显现陆地已经被举高了。
当他路程的第一站到达圣地亚哥维德角的时候，达尔文重视到该地火山岩峭壁的高处有一条红色的堆积层内有很多暴露的珊瑚与贝壳碎片。
小猎犬号再次起航，沿岸南下，在阿布罗柳斯群岛四周测量后，到达里约热内卢。家人给他来信，他得知姐姐夏洛特嫁给了一名教区牧师，畴前的女友范妮也於3月嫁给了一个有钱人。
比方有一种胡蜂麻痺毛虫并在其体内產卵，卵变成寄生虫并杀死宿主的行為，认為这冲突了《目标论的证明》中「天然界是神美意的彰显」的教义。
他来到博它福古，登陆时发明由於波浪，本身的册本、仪器和枪械全被泡在水裡，只好花了一天时候来措置。
小猎犬号分开热带地区持续向南，驶进拉普拉塔海湾，次日达尔文在蒙得维的亚登岸。他将在近郊汇集的一些甲虫製成标本，一些寄回家中，最首要的一些寄给了亨斯洛。
达尔文在自传裡亦曾表示，福音书的真确性存疑，他也没有充沛证据信赖基督教是神的教义。rs
达尔文在接下来的路程中有著更多的发明，它们中的很多是戏剧性的。在巴塔哥尼亚，他瞥见次级而上的漫衍著圆石与海贝平原，它们实在是被举高的海滩。
因為这件事，达尔文重新地考虑了人类，他得出的结论是固然人类是高档植物，但植物的赋性始终没有像他的朋友所说的那样丧失，并且明白了每个文明的演变都是不一样的，而不是因种族所定。
后菲茨罗伊向达尔文道了歉，二人和解。达尔文与菲茨罗伊在舰长室吃了饭，获得了旅伴们的尊敬，年青人们开端称其為「先生」，军官们称他為「敬爱的老哲学家」、「我们的捕蝇人」。
当小猎犬号再次归航，船上装起了新大炮，包含马斯特斯在内的三名海员抱病死去，麦考密克也辞职返国。插手了恶战号兵舰上的礼拜。
达尔文為范妮而感慨哀伤，投入了本地之旅。此中一名旅伴是仆从主，固然他对达尔文很友爱，但準备拆散30个仆从家庭，将他们拍卖，这类行為让达尔文又一次义愤填膺。
他在日记写道：「没有人能够想得出像巴伊亚古镇那样斑斓的风景，它完整被一片斑斓树木所构成的富强丛林拥抱著，它位在绝壁海岸上，俯瞰著宽广的眾圣湾中的悄悄的海水..它是巴西最斑斓的风景之一。
达尔文的家属比较偏向不顺从当时英国国教会，他的祖父、父亲及兄弟均為自在思惟家。在此背景下，小时候的达尔文仍然信奉圣经，乃至以后在剑桥大学修读神学成為牧师。
他们在英国的两年里，遭到了英国传统教诲从而进入了令人所熟谙的「文明社会」，但是他们的亲戚对达尔文来讲是 「没有但愿，且对人类是种欺侮的人渣」。
一阵信风将小猎犬号送至巴西，停靠在巴伊亚，达尔文在萨尔瓦多登岸。他安步於丛林之间，為这裡的美景所沉醉，印证了洪堡的描述。
偏向辉格党的达尔文却看不惯，认為应当束缚仆从，那些仆从们当著仆从主所说的话毫偶然义，船长被激愤了，拂袖而去。
达尔文逆流而上，第一次遇见了加乌乔人。在打猎中度过的，他尝到了美洲鸵、犰狳、刺豚鼠等别致甘旨。
飞行旅途当中，达尔文饱受疾病痛苦困扰。在阿根廷患上重烧。从安第斯山脉返回瓦尔帕莱索的途中，他再次倒下，并在病榻上度过一个月。
小猎犬号驶离拉普拉塔，以观察海岸，成果碰到了风暴气候，锚也曾两次折断。他们的船最后驶进了布兰卡港，菲茨罗伊在那儿结识了不海报的帆船船长哈里森，后者将小猎犬号引到一个安然的停靠处。
一年今后，布道的任务被他们所忘记，只要杰米巴顿对他们说他寧愿过之前困难的糊口也不肯意重返英国。
在安第斯山脉的高处，他发明化石树耸峙在一片沙岸上，四周漫衍著海贝片。在小猎犬号勘察了科科斯（基林）群岛后，他推论这些珊瑚环岛，是构成鄙人沉的火山之上的。
他最后為家庭所写的纪行，后以《小猎犬号之旅》一书出版，详确地从社会学、政治学、和人类学的视角描述与总结了飞行所及的土著与殖民地的风土情面。
这很好地解释了赖尔的实际，并赐与了达尔文思虑岛屿地质史全新的视角，使他决定写一本关於地质学的书。
上一次小猎犬号来火地群岛的时候带上的三个印第安人（美洲土著人）被送回到了故里，然后当上了布羽士。
水兵勘察船小猎犬号（beagle，又译為「贝格尔号」）停止了為期五年（1831－1836）的勘察活动，这期间达尔文将三分之二的时候花在了陆地上。
1851年，他的女儿安尼去世后，达尔文的信奉渐减，并偏向思疑主义。这时固然他仍持续帮手停止一些教会事件，但已经不会在礼拜日上教会。
他们待在维德角后..超出了赤道，达尔文受了刮脸礼——脸用油漆、柏油掠过后刮乾净，再按在注满海水的帆中，这是新海员必须接管的典礼。
达尔文更认為宗教信奉实在是生物族群的保存战略，固然此时他仍然信赖神是终究的天然法例制定者。
此时他信赖一套以天然界构成的奇妙而论证神必然存在的《目标论的证明》。厥后，达尔文在贝格尔号之旅中熟谙到天下很多分歧物种，这些物种的特徵与习性，是圣经没法解释的。
小猎犬号去巴伊亚查对经度去了，几个礼拜没有音信，达尔文滞留本地忙於捕获猎物、製作标本，早晨则给亨斯洛、福克斯等人写信。
每隔一段时候，他将这些飞行中汇集的标本与记录这些发明的函件寄予剑桥大学，很快他就成為了一个富有盛誉博物学家。达尔文的这些详确的勘察记录闪现了一个实际初创者的惊人天赋，并成為了他前期作品的实际根本。
在赖尔的第二卷书中，万物的创生被归结為「ion」，而此时思惟已经走在期间火线的达尔文对此猜疑不解。
在南美，达尔文发明并发掘了一些已灭尽的巨型哺乳植物化石，此中相称一部分并不处於有狠恶气候窜改与灾害产生跡象的地质层里。
但是，除了经歷过的人以外，别人不能体味在如许的花和如许的树间漫步时所感到的那种极度欢乐。」