张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无二心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以知玄；且始事而诛大将，情面不安。”再三不成。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
乙卯，魏虎威将军宿沓干伐燕，攻令支；乙丑，燕中领军宇文拔救之。壬午，宿沓干拔令支而戍之。
中散骑常侍张融言于利鹿孤曰：“焦朗兄弟据魏安，潜通姚氏，数为反覆，今不取，后必为朝廷忧。”利鹿孤遣傉檀讨之，朗面缚出降，傉檀送于西平，徙其民于乐都。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不准。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之极力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如本日克服则倾宗，败北则覆族，欲以此安归乎！不若幡然改图，则能够长保繁华矣。前人射钩、斩祛，犹不害为帮手，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，情面愈恐，牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑处置中郎敬宣谏曰：“今国度衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，占有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄声望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！本日取玄如反覆手耳；但平玄以后，令我奈骠骑何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意；敬宣不之觉，玄佐吏莫不相视而笔。玄板敬宣为咨议参军。
元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。
桓玄发江陵，虑事不捷，常为西还之计。及过寻阳，不见官军，意甚喜，将士之气亦振。庾楷谋泄，玄囚之。丁巳，诏遣齐王柔之以驺虞幡宣布荆、江二州，使罢兵；玄前锋杀之。柔之，宗之子也。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城恪守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步兵九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
傉檀知吕超必来斫营，畜火以待之。超夜遣中壘将军王集帅精兵二千斫傉檀营，傉檀徐严不起。集入垒中，表里皆举火，光照如昼；纵兵击之，斩集及甲首三百馀级。吕隆惧，伪与檀通好，请于苑内缔盟，傉檀遣俱延入盟，俱延疑其有伏，毁苑墙而入。超伏兵击之，俱延失马步走，凌江将军郭祖力战拒之，俱延乃得免。傉檀怒，攻其昌松太守孟礻韦于显美。隆遣广武将军荀安国、宁远将军石可帅骑五百救之。安国等惮傉檀之强，遁还。
戊子，魏材官将国和突攻黜弗、素古延等诸部，破之。初，魏主珪遣北部大人贺狄干献马千匹求昏于秦，秦王兴闻珪已立慕容后，止狄干而绝其昏；没弈干、黜弗、素古延，皆秦之属国也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大阅士马，命并州诸郡积谷于平阳之乾壁，以备秦。
秦王兴立子泓为太子，大赦。泓孝友宽和，喜文学，善谈咏，而脆弱多病。兴欲觉得嗣，而猜疑不决，久乃立之。
癸丑，魏常山王遵等至高平，没弈干弃其部众，帅数千骑与刘勃勃奔秦州。魏军追至瓦亭，不及而还，尽获其府库积蓄，马四万馀匹，杂畜九万馀口，徙其民于代都，馀种分迸。平阳太守贰尘复侵秦河东，长安大震，关中诸城昼闭，秦人简兵训卒以谋伐魏。
姑臧大饥，米斗直钱五千，人相食，饥死者十馀万口。城门昼闭，樵采路绝，民请出城为胡虏奴婢者，日稀有百，吕隆恶其沮动众心，尽坑之，积尸盈路。沮渠蒙逊引兵攻姑臧，隆遣使求救于河西王利鹿孤，利鹿孤遣广武公傉檀帅骑一万救之，未至，隆击破蒙逊军，蒙逊请与隆盟，留谷万馀斛遣之而还。傉檀至昌松，闻蒙逊已退，乃徙泽段冢民五百馀户而还。
刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益娇纵，又恐己功名愈盛，不为元显所容，且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除在朝，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋。牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐罢了。
秃发礻韦檀克显美，执孟礻韦而责之，以其不早降。礻韦曰：“礻韦受吕氏厚恩，分符守土；若明公雄师甫至，望旗归附，恐开罪于执事矣。”礻韦檀释而礼之，徙二千馀户而归，以礻韦为左司马。礻韦辞曰：“吕氏将亡，圣朝必取河右，人无愚智皆知之。但礻韦为人守城不能全，复忝显任，于心窃所未安。若蒙明公之惠，使得就戮姑臧，死且不朽。”礻韦檀义而归之。
张法顺谓元显曰：“桓玄承籍世资，素有豪气，既并殷、扬，专有荆楚，第下之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之何如？”法顺曰：“玄始得荆州，情面未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以雄师继进，玄可取也。”元显觉得然。会武昌太守庾楷以玄与朝廷成仇，恐事不成，祸及于己，密令人自结于元显，云：“玄大失情面，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京口，谋于刘牢之；牢之以难堪。法顺还，谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”元显不从。因而大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇襄阳；遣其将皇甫敷、冯该戍湓口。移沮、漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更调集流民，立绥安郡。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。
东土遭孙恩之乱，因以饥荒，漕运不继。桓玄禁断江路，商旅俱绝，公私匮乏，以粰、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虞，必未暇讨己，能够蓄力观衅。及雄师将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵邻近畿，示以祸福，土崩之势可翘足而待，何有延敌出境，自取穷蹙者乎！”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪行元显，举兵东下。檄至，元显大惧。仲春，丙午，帝饯元显于西池，元显下船而不发。
柔然社仑方睦于秦，遣将救黜弗、素古延；辛卯，和突逆击，大破之，社帅仑其部落远遁漠北，夺高车之地而居之。斛律部帅倍侯利击社仑，大为所败，倍侯利奔魏。社仑因而西北击匈奴遗种日拔也鸡，大破之，遂兼并诸部，士马富强，雄于北方。其地西至焉耆，东接朝鲜，南临大漠，旁侧小国皆羁属焉。自号豆代可汗。始立束缚，以千报酬军，军有将；百报酬幢，幢有帅。攻战先登者赐以虏获，畏懦者以石击其首而杀之。
吕超攻姜纪，不克，遂攻焦朗。朗遣其弟子嵩为质于河西王利鹿孤以请迎，利鹿孤遣车骑将军傉檀赴之。比至，超已退，朗闭门拒之。何檀怒，将攻之，镇北将军俱延谏曰：“安土重迁，人之常情。朗孤城无食，本年不降，后年自服，何必多杀士卒以攻之！若其不捷，彼必去从他国。弃州境士民以资邻敌，非计也；不如以善言谕之。”檀乃与朗连和，遂曜兵姑臧，壁于胡阬。
丁丑，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿沓干走，执魏辽西太守那颉。燕以拔为幽州刺史，镇令支，以中坚将军辽西阳豪为本郡太守。丁亥，以章武公渊为尚书令，博陵公虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓修，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈修等与玄志趣分歧，元显乃止。诞，导之曾孙也。