到得杭州后，自运河折而向北，这晚在杭州城外听到动静，清廷已是以案而处决了很多官员百姓：庄廷鑨已死，开棺戮尸；庄允城在狱中不堪虐待而死；农户百口数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配沈阳，给满洲旗兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟正法，四子处斩。李令皙的季子刚满十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，遵循清律，十五岁以下者得免死放逐。那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不肯独生。”终究不肯易供，一并处斩。松魁、朱昌祚入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安、乌程的两名学官处斩。是以案连累，冤枉而死的人亦不计其数。湖州府知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，纳贿藏匿，和推官李焕、训导王兆祯同处绞刑。
查伊璜吃了一惊，只道是祸事上门，岂知那军官执礼甚恭，说道：“奉广东省吴军门之命，有薄礼奉赠。”查伊璜道：“我和贵上素不了解，只怕是弄错了。”那军官取出拜盒，拿出一张大红泥金名帖，上写“拜上查先生伊璜，讳继佐”，上面写的是“眷晚生吴六奇顿首百拜”。查伊璜心想：“我连这吴六奇的名字也没闻声过，为何送礼于我？”当下沉吟不语。那军官道：“敝上说道，些些薄礼，请查先生不要见笑。”说着将两只朱漆烫金的圆盒放在桌上，俯身存候，便即别去。
鳌拜得知之下，当即查办，顿时雷厉流行的办了起来。便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中。他当即召见吴之荣，详问其事，再命部下汉人幕客细阅吴之荣所呈缴客店中偷来的那部原版明史，所言果是真相。
湖州府学官又担搁了二十几天，才移文归安县和乌程县的学官，要他二人申覆。那两个学官也早获得庄允城的大笔贿赂，当时新版明史也已印就，二人将两部新版书缴了上去，回禀：“该书平淡细致，无裨世道民气，然细查全书，尚无讳禁犯例之处。”层层申覆，就此不了了之。
吴之荣来到北京，便写了禀帖，告到礼部、都察院、通政司三处衙门，申明农户如何贿赂官员，改镌新版。
程维藩从杭州坐船到南浔之时，反覆推考，已思得良策，心想这部《明书辑略》传播已久，坦白是瞒不了的，唯有施个釜底抽薪之计，一面派人前赴各地书铺，将这部书尽数收买返来烧毁，一面赶开夜工，另镌新版，删除统统讳忌之处，重印新书，行销于外。官府究查之时，将新版明史拿来一查，发觉吴之荣所告不实，便可消弭一场横祸了。当下便将此计说了出来。庄允城欣喜交集，连连叩首伸谢。程维藩又教了他很多枢纽，某某官府处应送礼多少，某某衙门处应如何疏浚，庄允城一一受教，再送程维藩一笔厚礼。
这一日舟至嘉兴，顾炎武在城中买了一份邸报，上面详列明史一案中开罪诸人的姓名。却见上谕中有一句道：“查继佐、范骧、陆圻三人，虽列名参校，然事前未见其书，免罪不究。”顾炎武将邸报拿到舟中，和黄宗羲、吕留良三人同阅，啧啧称奇。
鳌拜以军功而封公爵、做大官，向来轻视汉官和读书人，把握大权后便想办几件大案，镇慑民气，不但使汉人不敢兴背叛之念，也令朝中敌党不敢有甚异动，当即派出钦差，赴浙江查办。这一来，农户全产业然逮入京中，连杭州将军松魁、浙江巡抚朱昌祚以下统统大小官员，也都撤职查办。在明史上列名的文学之士，无一不锒铛入狱。
第二年春季，查伊璜到杭州玩耍。一日在一座破庙当中，见到有口极大的古钟，少说也有四百来斤，他正在观赏钟上所刻的笔墨斑纹，忽有一名乞丐大踏步走进佛殿，左手抓住钟钮，向上一提，一口大钟竟然离地数尺。那乞丐在钟下取出一大碗肉、一大钵酒来，放在一旁，再将古钟置于原处。查伊璜见他如此神力，不由骇然，细心看时，竟然便是去冬一起喝酒的那乞丐，笑问：“兄台还认得我吗？”那乞丐向他望了一眼，笑道：“啊，本来是你。本日我来作东，大师再喝个痛快，来来来，喝酒。”说着将土钵递了畴昔。
最惨的是，统统雕版的刻工、印书的印工、装钉的钉工，以及书贾、书铺的仆人、卖书的伴计、买书的读者，查明后尽皆处斩。据史乘记录，当时姑苏浒墅关有一个榷货主事（关吏）李尚白，喜读史乘，传闻姑苏阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店东人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等待，比及店东返来，将书买回。李尚白读了几卷，也不觉得意。过了几个月，案子发作，一向查办到各处贩书买书之人。当时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京当即斩决。书店东人和受命买书的工役斩首。连那隔壁姓朱老者也受缠累，说他既知那人来购逆书，何故不即告发，还让他在家中闲坐？本应斩首，姑念年逾七十，免死，和老婆放逐遥远之处。
吕留良等三人获得动静，仇恨难当，切齿痛骂。黄宗羲道：“伊璜先生列名参校，这一会只怕也难逃此劫。”他三人和查伊璜向来交好，都非常顾虑。
不料在京中等不到一个月，三处衙门前后驳覆下来，都称细查庄廷鑨所著《明书辑略》一书，内容并无犯禁犯例，该撤职知县吴之荣所告，并非真相，显系挟嫌诬告，至于贿赂官员如此，更系捕风捉影之辞。那通政司的批驳更加峻厉，说道：“该吴之荣以贪墨被革，遂以天下清官，皆如彼之贪。”本来庄允城受了程维藩之教，早将新版明史送到了礼部、都察院、通政司三处衙门，有关官吏师爷，也早已送了厚礼办理。
查伊璜接过土钵，喝了一大口，笑道：“这酒挺不错啊。”那乞丐从破碗中抓起一大块肉，道：“这是狗肉，吃不吃？”查伊璜虽觉肮脏，但想：“我既当他是酒友，倘若推让，未免瞧他不起了。”当下伸手接过，咬了一口，咀嚼之下，倒也甘美适口。两人便在破庙中席地而坐，将土钵递来递去，你喝一口，我喝一口，吃肉时便伸手到碗中去抓，未几时酒肉俱尽。那乞丐哈哈大笑，说道：“只可惜酒少了，醉不倒孝廉公。”
当下书僮将酒烫热，分斟在碗中杯内。查伊璜喝一杯，那乞丐便喝一大碗。待那乞丐喝到二十余碗时，脸上仍无甚酒意，查伊璜却已寂然醉倒。要知那绍兴女儿红酒入口暖和，酒性却颇短长。绍兴人家生下儿后代儿，便酿酒数坛至数十坛不等，埋上天下，待女儿长大嫁人，将酒取出宴客，那酒当时已作虎魄色，称为“女儿红”。想那酒埋藏十七八年乃至二十余年，天然醇厚之极。至于生儿子人家所藏之酒，称为“状元红”，盼望儿子今后中状元时取出宴客。状元非大家可中，多数是在儿子娶媳妇时用以飨客了。酒坊中酿酒用以发卖的，也袭用了状元红、女儿红之名。
次日一早，吕留良百口和顾黄二人登舟东行。江南中产以上人家，家中都自备有船，江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，普通人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。
那是明朝崇祯末年之事，过得数年，清兵入关，明朝覆亡。查伊璜绝意进取，只在家中闲居，一日忽有一名军官，领兵四名，来到查府。
查伊璜道：“客岁夏季在敝处相逢，本日又再偶然中相遇，实是有缘。兄台神力惊人，本来是一名海内奇男人，得能交友你这位朋友，小弟好生喜好。兄台有兴，我们到酒楼去再饮如何？”那乞丐道：“甚妙，甚妙！”两人到西湖边的楼外楼酒楼，呼酒又饮，不久查伊璜又即醉倒。待得酒醒，那乞丐已不知去处。
那四个顾命大臣，名叫索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，均是清朝的建国功臣。顺治天子去世之时，遗诏命这四大臣辅政。此中鳌拜最为凶横，朝中翅膀极众，清廷大权，几近尽操于他一人之手。他恐怕敌党对其倒霉，是以派出无数探子，在都城表里刺探动静。这日获得密报，说道北都城中呈现很多招贴，揭露浙江庄姓百姓著书谋叛，大逆不道，浙江官员纳贿、置之不睬等情。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下挟恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司宣称，该书说明根据“朱氏原稿增删润色而成”，这朱氏便是朱佑了然；又说他的名字“朱佑明”，显是心存前明，咒诅本朝。这一来，朱佑明和他五个儿子同处斩首，朱家的十余万财产，清廷命令都赐给吴之荣。
顾炎武在吕留良家中，将此案的来龙去脉详细道来，吕留良听得只是感喟。当晚三人联榻长谈，群情世事，说到明末魏忠贤等寺人谗谄忠良，把持朝政，各种倒行逆施，终至明室覆亡，入清后汉人惨遭搏斗，祸难方深，无不扼腕切齿。
查伊璜给他连斟三杯，那丐者饮得极其利落。查伊璜最喜的是利落人，心下欢乐，说道：“兄台酒量极好，不知能饮多少？”那乞丐道：“酒逢知己千杯少，话不投机半句多。”这两句虽是熟套语，但在一个乞丐口中说出来，却令查伊璜悄悄称异，当即命书僮捧出一大坛绍兴女儿红来，笑道：“鄙人酒量有限，刚才又已饮过，不能陪兄痛饮。老兄喝一大碗，我陪一小杯如何？”那乞丐道：“这也使得。”
查伊璜翻开礼盒，鲜明是五十两黄金，另一盒中倒是六瓶洋酒，酒瓶上缀以明珠翡翠，华贵不凡。查伊璜一惊更甚，追出去要那军官收回礼品，武人步快，早去得远了。
书僮将查伊璜扶入内堂安睡，那乞丐自行又到屋檐之下。次晨查伊璜醒转，忙去瞧那乞丐时，只见他负手而立，正在赏识雪景。一阵北风吹来，查伊璜只觉寒入骨髓，那乞丐却泰然自如。查伊璜道：“天寒地冻，兄台衣衫未免过于薄弱。”当即解下身上的羊皮袍子，披在他肩头，又取了十两银子，双手捧上，说道：“些些买酒之资，兄台勿却。何时有兴，请再来喝酒。昨晚兄弟醉倒，未能扫榻留宾，简慢勿怪。”那乞丐接过银子，说道：“好说。”也不伸谢，扬长而去。
查伊璜心下迷惑，深思：“飞来横财，非福是祸，莫非有人谗谄于我？”当下将两只礼盒用封条封起，藏于密室。查氏家道小康，黄金倒也不必动用，只是久闻洋酒之名，不敢开瓶咀嚼，未免心痒。
程维藩回到杭州，隔了一个多月，才将原书及吴之荣的禀帖移送浙江巡抚朱昌祚，轻描淡写的批了几个字，说道投禀者是因赃已革知县，似有挟怨吹求之嫌，请抚台大人详查。
吴之荣在杭州客店中苦候动静之时，庄允城的银子却如流水价使将出去。当时庄允城的重赂，已经送到将军衙门、巡抚衙门、学政衙门和湖州知府衙门。朱昌祚接到公事，这等刊书之事，属学政该管，压了十多天后，才移牒学政胡尚衡。学政衙门的师爷先搁上大半个月，又告了一个月病假，这才慢吞吞的拟稿发文，将公事送到湖州府去。
查继佐，字伊璜。（《觚剩》一书中有〈雪遘〉一文，述此奇事，开首说：“浙江海宁查孝廉，字伊璜，才调丰艳，而风情萧洒，常谓满眼悠悠，不堪愁对，海内奇杰，非从灰尘中物色，未可得也。”）这一天家居岁暮，命酒独酌，不久下起雪来，越下越大。查伊璜独饮无聊，走到门外抚玩雪景，见有个乞丐站在屋檐下避雪，这丐者身形魁伟，骨格雄奇，只穿一件破单衫，在北风中却涓滴不觉得意，只是脸上很有郁怒悲忿之色。查伊璜心下奇特，便道：“这雪非一时能止，请出去喝一杯如何？”那乞丐道：“甚好！”查伊璜便邀他进屋，命书僮取出杯筷，斟了杯酒，说道：“请！”那乞丐举杯便干，赞道：“好酒！”
吴之荣又碰了一鼻子灰，目睹回家已无川资，势将流落他乡。当时清廷对待汉人文士极其严峻，笔墨中稍有犯禁，便即正法，吴之荣所告的如果平常文人，早已到手，偏生遇着的敌手是富豪之家，这才阻难重重。既无退路，心想拚着下狱，也要将这件案子干到底，当下又写了四张禀帖，分呈军机处的四位顾命大臣；同时又在客店中写了数百张招纸，揭穿此事，在北都城中到处张贴。他这一着却大是行险，倘若官府究查起来，说他危言耸听，扰乱民气，不免有杀头的重罪。
黄宗羲道：“此事必是大力将军所为。”吕留良道：“大力将军是谁？倒要就教。”黄宗羲道：“两年之前，兄弟到伊璜先生家中作客，但见他府第焕然一新，庭园广大，陈列都丽，与先前大不不异。府中更养了一班昆曲梨园子，声色曲艺，江南少见。兄弟和伊璜先生向来交好，说得上互托肝胆，便问起情由。伊璜先生说出一段话来，确是风尘中的奇遇。”当下便将这段故事转述了出来。
至于江南名流，因庄廷鑨慕其大名、在书中列名参校者，同日凌迟正法，计有茅元锡等十四人。所谓凌迟正法，乃是一刀一刀，将其满身肢体肌肉渐渐切割下来，直至犯人受尽痛苦，方才正法。因这一部书而家破人亡的，当真难以计数。
吴之荣直到在书铺中发明了新版明史，方知就里，心想唯有弄到一部原版明史，才气重揭此案。杭州各家书铺当中，原版书早给农户买清，当下前赴浙东偏僻州县搜购，岂知仍然一部也觅不到。他穷愁得志，只得废然回籍。也是事有刚巧，旅途当中，却在一家客店中见到店东人正在点头晃脑的读书，一看之下，所读的便是这部《明书辑略》，借来一翻，竟是原版。这一下大喜过望，心想若向客店东人求购，一来他一定肯售，二来手头银钱无多，买不起，只好偷。深夜当中悄悄起床，偷了书便即溜出店门，心想浙江全省有关官员都已受了庄允城之贿，一不做，二不休，干脆告到北都城去。